La familia vivía en el pueblo de Iztacalco, que entonces estaba separado de la Capital de México por una zona de sembradíos y campos sin cultivar, además de algunos canales no muy extensos.

Doña Carlota murió en 1868 cuando Antonio tenía 12 años. Antonio contó que él lloraba mucho cuando murió su mamá; a la edad de 12 años ya pesaba y sentía esta dura pena. Años más tarde, él platicó este detalle: "una persona respetable nos asistía en la casa, al verme llorar tanto, me corrigió en esta forma: -No debes llorar por tu mamá, ella ya está en el cielo y nada de llorar más".

Y lo que admiró a todos fue la respuesta que dio, con aquella solemnidad de juicio que le caracterizaba:

"y yo se lo agradecí mucho".

En la adolescencia, al igual que todos, Antonio se hubo preguntado: ¿Quién soy, cómo quiero ser, a quién parecerme?

Acerca de su papá, Antonio contaba que lo quería mucho y que era inseparable de él. Cuando era maduro, hacía reminiscencias de los años de su infancia, cuando visitaba con su padre las ferias de San Juan, que eran algo grandioso.
La personalidad de Antonio se formaba a partir del modelo paterno.

Su identidad, sus valores, sus gustos y costumbres se desarrollaban tomando elementos del ambiente que lo rodeaba. En el templo, en la instrucción religiosa hubo de oír en algunas ocasiones:

"Yo soy el Buen Pastor. El Buen Pastor da la vida por sus ovejas".

Por ese tiempo, Antonio sintió el llamado de Dios a la vida sacerdotal y comunicó esta inquietud a su papá a fin de que le diera permiso de ingresar al Seminario Conciliar de México. Su padre se opuso por ser el único hijo varón y le negó la ayuda económica para que desistiera de ser sacerdote. Antonio trató de convencerlo para que le diera el permiso de ingresar al Seminario Conciliar de México pero no lo logró.

Don Francisco era un buen cristiano, pero deseaba que Antonio lo ayudara en sus negocios y los heredara; así que no vio con buenos ojos que su hijo ingresara al Seminario y aunque no se opuso abiertamente a ello, tal vez por hacerlo desistir, tal vez por probar su vocación, le negó constantemente los auxilios que necesitaba para sus estudios.

Contra la voluntad de su padre, Antonio se inscribió como alumno externo en el Seminario Conciliar Tridentino de México y comenzó sus estudios el 8 de enero de 1870, cuando tenía 14 años.

Antonio era un joven con vocación, "hacía todos los días a pie el viaje de ida y vuelta, desde Iztacalco hasta la Capital, seis kilómetros, lo mismo en verano que en invierno, con buen o con mal tiempo, y permanecía en el Seminario, desde las seis de la mañana hasta las ocho de la noche".

Antonio se iba descalzo para que los zapatos le duraran más; así llegaba hasta donde tenía que ir a estudiar para sacerdote. El señor Emigdio Repiso, sobrino del Siervo de Dios, declaró: "Mi abuelo no quería que fuera sacerdote pero Antonio, para evitar dificultades con su papá, a escondidas se iba al Seminario. El papá, como era descendiente de español, tenía el carácter fuerte pero ni eso lo detuvo de su decisión".

El padre José Román Terán, S. J., prefecto de estudios, dio la siguiente declaración: